Modellizzazione e comprensione dei sistemi geneticamente modificati nel loro insieme

Questo progetto ha lo scopo di caratterizzare i siti di integrazione di vettore presenti nel DNA del plasma sanguigno (DNA circolante) o altri fluidi corporei in pazienti sottoposti a terapia genica come possibile lettura della composizione clonale di cellule geneticamente modificate che risiedono in tutto il corpo e non esclusivamente sul sangue periferico. Nell’ambito di questo progetto abbiamo messo a punto una tecnica (Liquid Biopsy Integration Site sequencing, LiBIS-seq) in grado di recuperare integrazioni di vettori da DNA circolante. Questa tecnologia consente la diagnosi precoce di tumori indotti da vettori situati al di fuori del flusso sanguigno o prima della comparsa evidente di cellule maligne circolanti. Un altro scopo di questo progetto è studiare lo stress proliferativo successivo al trapianto di cellule staminali ematopoietiche geneticamente modificate con la terapia genica tramite la misurazione del tasso di mutazioni somatiche nelle sequenze genomiche che fiancheggiano i siti di integrazione, in diversi tipi di cellule ematopoietiche e nel tempo.